アプリケーションのインストール方法としては、portsからインストールする方法もpackageからインストールする方法もあります。portsからインストールする場合もportmasterとかのツールもあります。ですが、結局なんだかんだで、make installに落ち着きました。
まず、packageを使ってインストールする方法ですが、大抵のpackageは、最新版ではありません。ここでやっているようなデスクトップ環境の構築で、インストールするパッケージは、かなりの数のパッケージに依存しており、全部が最新版でないと、あちこちでエラーが出ます。安定した状態で動かそうと思うと、最新版に揃える必要があると、体験的に感じています。そういう関係で、packageでインストールするのは現在は極力避けています。
後は、ツールを使うかmakeを使うかですが、makeを使ってもツールを使っても、インストールのオプションをどうするかは、聞かれます。で、ツールを使った場合は、「Aパッケージのオプション設定」→「Aパッケージのインストール」→「Bパッケージのオプション設定」→「Bパッケージのインストール」という具合に進むので、全部インストールが終わるまで、PCから離れられないのですが、
# make config-recursive[ENTER]
# make install clean[ENTER]
とすると「make config-recursive」で、依存するパッケージのオプション設定も全部やった上で、後は、一気に全パッケージをインストールしてくれるので、インストールが始まったら、後は放っておいていいのです。(一部例外はありますが。)